8
1-2-3 نقشه های لینکاژی 9
1-2-4 نقشه های فیزیکی 9
1-2-5 نقشه یابی مقایسه ای و اصلاح دام 10
1-2-6 همولوژی 11
1-2-7 کشت سلول های خونی 11
1-2-7-1 تاریخچه 11
1-2-7-2 اصول بنیادی 12
1-2-8 تکنیک های باندینگ (رنگ آمیزی) کروموزوم ها 12
1-2-8-1 تاریخچه 12
1-2-8-2 اصول پایه ای 13
1-2-9- هیبریداسیون در محل فلورسنتی (FISH) 15
1-2-9-1 تاریخچه 15
1-2-9-2 اصول بنیادی 15
1-2-9-3 استفاده از FISH در پژوهش های ستوژنتیک حیوانات اهلی 16
1-2-9-4 استفاده از مکان یابی فیزیکی ژن ها با تکنیک FISH برای تایید صحت گردآوری های ژنوم موجودات 17
1-2-9-5 استفاده از مکان یابی فیزیکی ژن ها با تکنیک FISH برای اتصال نقشه های لینکاژی و RH روی کروموزوم ها 19
1-2-9-6 استفاده از مکان یابی فیزیکی ژن ها با تکنیک FISH در رهیافت کلونینگ موقعیتی ژن ها و QTLها 20
1-2-10 انواع پروب های کلون DNA ژنومی استفاده شده در FISH 21
1-2-11 ایمونوفلوروسنس 21
1-2-12 ویژگی های متافاز ها و نقشه های سیتوژنتیک خانواده گاو سانان 22
1-2-12-1 آتوزوم ها و نقشه های سیتوژنتیک 22
1-2-12-2 کروموزوم های جنسی 26
1-2-13 بررسی ژن های BMPR1B، BMP15 و GDF9 27
1-2-13-1 ژن برولا (FecB) 27
1-2-13-2 ژن GDF9 (FecGH) 28
1-2-13-3 ژن BMP15 (FecX) 29
1-2-13-4 اثر متقابل بین جهش های موثر بر باروری 30
فصل دوم 32
بررسی منابع 32
2-1 سابقه مطالعات سیتوژنتیک و نقشه یابی ژن ها با تکنیک FISH در حیوانات مزرعه ای 33
2-2 سابقه مطالعه ژن های BMPR1B، BMP15 و GDF9 در حیوانات مزرعه ای 37
فصل سوم 40
مواد و روش ها 40
3- مواد و روش ها 41
3 – 1 تهیه نمونه های خون و کشت سلول های خونی 41
3 – 1- 1 تهیه ی نمونه های خون 41
3 – 1- 2 کشت سلول های خونی با روش RB و انتخاب اسلاید های مناسب برای FISH 41
3-2 انتخاب و سفارش کلون های BAC 42
3-2-1 شناسایی کلون های BAC حاوی ژن های BMPR1B، BMP15 و GDF9 44
3-2-1-1 ژن BMPR1B 45
3-2-1-2 ژن BMP15 46
3-2-1-3 ژن GDF9 47
3-3 کشت باکتری های حاوی کلون های BAC و استخراج DNA 48
3-4 نشاندارسازی DNA استخراج شده از کلون های BAC 51
3-5 تهیه کاریوتایپ گاو، گاومیش رودخانه ای، گوسفند و بز 51
3-6 هیبریداسیون در محل فلورسنتی (FISH) 51
3-7 مراحل بعد از FISH 52
3-7-1 آشکار سازی سیگنال های FITC 53
3-7-2 RBPI- باندینگ 53
3-8 بررسی میکروسکوپی اسلایدها و ردیابی سیگنال های FITC 53
3-9 تعیین محل دقیق (باند کروموزومی) ژن های مورد مطالعه روی کروموزوم ها 54
فصل چهارم 55
نتایج 55
4- نتایج 56
4-1 کیفیت DNA استخراج شده از کلون های BAC 56
4-2 نتایج حاصل از کشت سلولی و کاریوتایپ های تهیه شده برای گاو، گاو میش رودخانه ای، گوسفند و بز با روش RBA- باندینگ 56
4-2-1 کاریوتایپ RBA- باندینگ گاو (BTA) 56
4-2-2 کاریوتایپ RBA- باندینگ گاو میش رودخانه ای (BBU) 56
4-2-3 کاریوتایپ RBA- باندینگ گوسفند (OAR) 56
4-2-4 کاریوتایپ RBA- باندینگ بز (CHI) 57
4-3 جایگاه فیزیکی ژن های BMPR1B، BMP15 و GDF9 با استفاده از تکنیک FISH روی کروموزوم های RBPI- باندینگ گونه های مورد مطالعه 57
4-3-1 جایگاه فیزیکی ژن های BMPR1B، BMP15 و GDF9 در گاو (BTA) 57
4-3-2 جایگاه فیزیکی ژن های BMPR1B، BMP15 و GDF9 در گاو میش رودخانه ای (BBU) 57
4-3-3 جایگاه فیزیکی ژن های BMPR1B، BMP15 و GDF9 در گوسفند (OAR) 57
4-3-4 جایگاه فیزیکی ژن های BMPR1B، BMP15 و GDF9 در بز (CHI) 58
4-4 مقایسه جایگاه فیزیکی ژن های BMPR1B، BMP15 و GDF9 در گاو، گاو میش رودخانه ای، گوسفند و بز با انسان 58
فصل پنجم 96
بحث و نتیجه گیری 96
5- بحث 97
5-1 نقشه های ژنتیکی 97
5-2 تفاوت های نقشه های فیزیکی و لینکاژی 98
5-3 ژنومیکس مقایسه ای 99
5-4 نتیجه گیری نهایی 103
5-5 پیشنهادات 103
واژه نامه 104
منابع و مآخذ 106
Abstract 121

فهرست جداول
جدول 3-1. مواد استفاده شده در کشت سلول های لنفوسیت خون در پژوهش حاضر 43
جدول 3-2. مشخصات کتابخانه BAC ژنوم گاوی موسسه INRA فرانسه 44
جدول 3-3. مشخصات کامل کلون های BAC استفاده شده در پژوهش حاضر 44
جدول 3-4. ترکیبات محلول های P1، P2 و P3 استفاده شده در استخراج DNA 50
جدول 4-1. جایگاه های ژنی نقشه یابی شده، کلون های BAC شناسایی شده00000000000000000000000000000

مطلب مشابه :  دانلود پایان نامه ارشد با موضوعنام تجاری، کیفیت خدمات

فهرست شکل ها
شکل 2-1. مقایسه ایمونوفلوروسنس مستقیم و غیر مستقیم 22
شکل 3-1. اطلاعات کلون BtINRA-152G11استفاده شده به عنوان پروب در مکان یابی ژن BMPR1B.. 45
شکل 3-2. اطلاعات کلون BtINRA-745D07 استفاده شده به عنوان پروب در مکان یابی ژن BMPR1B. 46
شکل 3-3. اطلاعات کلون BtINRA-320H10 استفاده شده به عنوان پروب در مکان یابی ژن BMP15. 47
شکل 3-4. اطلاعات کلون BtINRA-748C10 استفاده شده به عنوان پروب در مکان یابی ژن BMP15. 48
شکل 3-5. اطلاعات کلون BtINRA-544F11 استفاده شده به عنوان پروب در مکان یابی ژن GDF9. 49
شکل 3-6. اطلاعات کلون BtINRA-444D9 استفاده شده به عنوان پروب در مکان یابی ژن GDF9 50
شکل 3-7. مراحل نشاندار سازی DNA با روش Nick Translation 52
شکل 4-1. نتایج حاصل از استخراج DNA از کلون های BAC استفاده شده در پژوهش حاضر 60
شکل 4-2. کاریوتایپ RBA- باندینگ تهیه شده برای گاو (BTA) در پژوهش حاضر 61
شکل 4-3. آیدیوگرام های G- باندینگ (چپ) و R- باندینگ (راست) گاو 62
شکل 4-4. کاریوتایپ RBA- باندینگ تهیه شده برای گاومیش رودخانه ای (BBU) در پژوهش حاضر 63
شکل 4-5. آیدیوگرام های G- باندینگ (چپ) و R- باندینگ (راست) گاو میش رودخانه ای 64
شکل 4-6. کاریوتایپ RBA- باندینگ تهیه شده برای گوسفند (OAR) در پژوهش حاضر 65
شکل 4-7. آیدیوگرام های G- باندینگ
(چپ) و R- باندینگ (راست) گوسفند 66
شکل 4-8. کاریوتایپ RBA- باندینگ تهیه شده برای بز (CHI) در پژوهش حاضر 67
شکل 4-9. جزئیات سیگنال های مربوط به نقشه یابی فیزیکی ژن BMPR1B با استفاده از تکنیک FISH و کلون BAC روی کروموزوم های RBPI-باندینگ در گاو (BTA). 68
شکل 4-10. موقعیت دقیق کروموزومی ژن BMPR1B روی کروموزوم شماره 6 گاو (BTA) 69
شکل 4-11. جزئیات سیگنال های مربوط به نقشه یابی فیزیکی ژن BMP15 با استفاده از تکنیک FISH و کلون BAC روی کروموزوم های RBPI-باندینگ در گاو (BTA). 70
شکل 4-12. موقعیت دقیق کروموزومی ژن BMP15 روی کروموزوم X گاو (BTA) 71
شکل 4-13. جزئیات سیگنال های مربوط به نقشه یابی فیزیکی ژن GDF9 با استفاده از تکنیک FISH و کلون BAC روی کروموزوم های RBPI-باندینگ در گاو (BTA). 72
شکل 4-14. موقعیت دقیق کروموزومی ژن GDF9 روی کروموزوم شماره 7 گاو (BTA) 73
شکل 4-15. جزئیات سیگنال های مربوط به نقشه یابی فیزیکی ژن BMPR1B با استفاده از تکنیک FISH و کلون BAC روی کروموزوم های RBPI-باندینگ در گاومیش رودخانه ای (BBU). 74
شکل 4-16. موقعیت دقیق کروموزومی ژن BMPR1B روی کروموزوم شماره 7 گاو میش رودخانه ای (BBU) 75
شکل 4-17. جزئیات سیگنال های مربوط به نقشه یابی فیزیکی ژن BMP15 با استفاده از تکنیک FISH و کلون BAC روی کروموزوم های RBPI-باندینگ در گاومیش (BBU). 76
شکل 4-18. موقعیت دقیق کروموزومی ژن BMP15 روی کروموزوم X گاو میش رودخانه ای (BBU) 77
شکل 4-19. جزئیات سیگنال های مربوط به نقشه یابی فیزیکی ژن GDF9 با استفاده از تکنیک FISH و کلون BAC روی کروموزوم های RBPI-باندینگ در گاومیش (BBU). 78
شکل 4-20. موقعیت دقیق کروموزومی ژن GDF9 روی کروموزوم شماره 9 گاو میش رودخانه ای (BBU) 79
شکل 4-21. جزئیات سیگنال های مربوط به نقشه یابی فیزیکی ژن BMPR1B با استفاده از تکنیک FISH و کلون BAC روی کروموزوم های RBPI-باندینگ در گوسفند (OAR). 80
شکل 4-22. موقعیت دقیق کروموزومی ژن BMPR1B روی کروموزوم شماره 6 گوسفند (OAR) 81
شکل 4-23. جزئیات سیگنال های مربوط به نقشه یابی فیزیکی ژن BMP15 با استفاده از تکنیک FISH و کلون BAC روی کروموزوم های RBPI-باندینگ در گوسفند (OAR). 82
شکل 4-24. موقعیت دقیق کروموزومی ژن BMP15 روی کروموزوم X گوسفند (OAR) 83
شکل 4-25. جزئیات سیگنال های مربوط به نقشه یابی فیزیکی ژن GDF9 با استفاده از تکنیک FISH و کلون BAC روی کروموزوم های RBPI-باندینگ در گوسفند (OAR). 84
شکل 4-26. موقعیت دقیق کروموزومی ژن GDF9 روی کروموزوم شماره 5 گوسفند (OAR) 85
شکل 4-27. جزئیات سیگنال های مربوط به نقشه یابی فیزیکی ژن BMPR1B با استفاده از تکنیک FISH و کلون BAC روی کروموزوم های RBPI-باندینگ در بز (CHI). 86
شکل 4-28. موقعیت دقیق کروموزومی ژن BMPR1B روی کروموزوم شماره 6 بز (CHI) 87
شکل 4-29. جزئیات سیگنال های مربوط به نقشه یابی فیزیکی ژن BMP15 با استفاده از تکنیک FISH و کلون BAC روی کروموزوم های RBPI-باندینگ در بز (CHI). 88
شکل 4-30. موقعیت دقیق کروموزومی ژن BMP15 روی کروموزوم شماره X بز (CHI) 89
شکل 4-31. جزئیات سیگنال های مربوط به نقشه یابی فیزیکی ژن GDF9 با استفاده از تکنیک FISH و کلون BAC روی کروموزوم های RBPI-باندینگ در بز (CHI). 90
شکل 4-32. موقعیت دقیق کروموزومی ژن GDF9 روی کروموزوم شماره 7 بز (CHI) 91
شکل 4-33. جزئیات سیگنال های مربوط به نقشه یابی فیزیکی ژن های BMPR1B، BMP15 و GDF9 با استفاده از تکنیک FISH و کلون BAC روی کروموزوم های RBPI-باندینگ در گاو (BTA)، گاومیش رودخانه ای (BBU)، گوسفند (OAR) و بز (CHI). 92
شکل 4-34. جایگاه فیزیکی ژن BMPR1B روی کروموزوم های R-باندینگ در گاو (BTA)، گاومیش رودخانه ای (BBU)، گوسفند (OAR) و بز (CHI) و مقایسه آن با انسان (HSA). 93
شکل 4-35. جایگاه فیزیکی ژن BMP15 روی کروموزوم های R-باندینگ در گاو (BTA)، گاومیش رودخانه ای (BBU)، گوسفند (OAR) و بز (CHI) و مقایسه آن با انسان (HSA). 94
شکل 4-36. جایگاه فیزیکی ژن GDF9 روی کروموزوم های R-باندینگ در گاو (BTA)، گاومیش رودخانه ای (BBU)، گوسفند (OAR) و بز (CHI) و مقایسه آن با انسان (HSA). 95

مطلب مشابه :  پایان نامه ارشد رایگان دربارهکشورهای در حال توسعه، اقتصاد کشاورزی، سیر تکاملی

فصل اول

مقدمه و کلیات

1-1 مقدمه
هدف اصلی در پژوهش های ژنومی حیوانات اهلی تهیه نقشه های ژنومی جامعی است که بتواند شناسایی جایگاه های موثر بر صفات مهم اقتصادی را امکان پذیر سازد. انتظار می رود که شناسایی چنین جایگاههایی منجر به طراحی برنامه های کارآمد اصلاح نژادی، خصوصاً انتخاب به کمک نشانگر (MAS) و در نتیجه افزایش صحت و پیشرفت انتخاب در حیوانات مزرعهای شود. اگر چه نقشه های ژنتیکی که تا کنون برای حیوانات اهلی تهیه شدهاند برای ردیابی ژن ها و جایگاه های صفات کمی در فواصل 10-5 سانتی مورگان (cM) و شروع برنامه های MAS کفایت می کنند، اما شناسایی دقیق جایگاه فیزیکی ژن ها و سپس کلونینگ و ردیابی واریانس های ژنتیکی آن ها و در گام بعدی مطالعه ارتباط این واریانس ها با صفات اقتصادی در اکثر موارد به ویژه در نژادهای موجود در کشورهای در حال توسعه از جمله ایران، به پژوهش های بیشتری نیاز دارند. به کارگیری داده های ژنوتیپی در ارزیابی های ژنتیکی تجاری و استراتژی های انتخاب بهینه، از جمله چالش های اصلاح نژادی می باشند که قطعاً نیازمند پیشرفت های بیشتری هستند.
کاربرد سیتوژنتیک در دام های اهلی از تکنولوژهای مفید برای توسعه ژنتیکی دام های اهلی است. سیتوژنتیک می تواند برای انتخاب حیوانات مولد فاقد نواقص کروموزومی مسئول نواقص فیزیکی (آنیوپلوئیدی)، باروری کمتر (نواقص بالانس کروموزومی) یا ناباروری (نواقص کروموزوم های جنسی) استفاده شود. همچنین سیتوژنتیک می تواند برای بررسی آلودگی های محیطی با مطالعه حیوانات
موجود در مناطق آلوده و استفاده از آن ها به عنوان شناساگرهای بیولوژیکی استفاده شود (یانوزی، 2007).
مک کوسیک (1980) پیشنهاد داد که ژنوم را به عنوان بخشی از آناتومی باید مورد توجه قرار

Leave a Reply